Sejak tahun 2008 Pondok Pesantren Al Munawaroh membuka Madrasah Aliyah Terpadu Al Munawaroh yang berkonsentrasi pada pengkajian kitab Salaf dan keilmuan Al Qur’an serta pembekalan life skill yang bisa dimanfaatkan langsung oleh peserta didik untuk mengaplikasikan ke masyarakat luas.
Adapun program kurikuler diarahkan pada pengkajian kitab kuning, Tahfidz Al Qur’an dan keilmuan Al Qur’an. Dalam waktu 3 tahun peserta didik ditargetkan sudah khatam Al Qur’an bil ghaib dan menguasai berbagai macam kitab-kitab kuning. Telah terbukti bahwa lulusan MA Terpadu Al Munawaroh memiliki kapabilitas untuk mengakses berbagai perguruan tinggi baik dalam negeri maupun luar negeri.